個人的に思うのは、王道カプも人気なマイナーカプも結局テンプレというか、多くの作品やコンテンツでもありがちな関係性のカプに近いところがあると思う。
例えば蘭ゆきだと(正直蘭ゆきはマイナーカプか疑問ではある)、「生意気な後輩と、強キャラの先輩」っていうざっくりとしたテンプレに沿ってると思う。ありさあやだと「からかわれたり可愛がられたりする子と、同級生なのにお姉さんっぽい子(沙綾は創作において内面の想像を膨らませやすいってのもある)」って枠にはまってると思う。同様にこういう枠組みがあると創作もはかどるのも理由じゃないかな。もちろん今挙げたものと全く違う理由だってあると思うけど。
でも公式や初期カプ組がどれも強いわけでもないのも確かで、あまりいい言い方ではないけど、香澄とはぐみは幼馴染カプにしてはリサゆきやかおちさほど触れられている感じはなくて、公式設定でもほとんど流行らなかったイレギュラーな例なんだと思う。
あとは>>47が言ったように、初期のほうから流行っていたカプ(マイナー含む)を超えるのは後からだと難しいと考えられるし、キャラによってもハードルの高さが変わると思う(キャラの性格の上で成り立つため二次創作の限界がある)。
かす蘭はそれぞれに公式カプがあるので布教は厳しいと思うが、スレで上がってるような独自性はあると思うので、そこにハマるストーリーを公式が手掛けるのを待つか、二次創作でユーザーに伝えていくことで広めることも可能だと思う。それが尊さを求めるものか、ギャグやネタ路線になるかはともかく。
いろいろ書いたが肝心の中身すっからかんですまぬ。
3行でまとめると、
結局テンプレ設定が強い。
二次創作も公式なキャラの性格からは逸脱できないので、読み手も書き手も、個性が強いゆえに動かしにくく想像が難しい。
形はともかく二次創作から広めること自体は可能。